Metodeuttesting for skånsom DNA-innsamling fra amfibier

Abstract

Taugbøl, A. 2024. Metodeuttesting for skånsom DNA-innsamling fra amfibier NINA Rapport 2406. Norsk institutt for naturforskning. Genetisk variasjon er nøkkelfaktoren til en sunn populasjon, men for å få kunnskap om genetisk diversitet må det samles inn DNA-prøver av god nok kvalitet for faktisk å kunne teste genetiske markører. I dette prosjektet ble det samlet 171 prøver fordelt på fem ulike prøvetyper fra frosk og padde: (1) strykeprøver fra hud med bomull-svaber (hudsvaber); (2) strykeprøver av hud med fint sandpapir; (3) strykeprøver av munnhule med svaber; (4) vevsprøver fra hud mellom tær fra overkjørte dyr og (5) filtrerte vannprøver fra akvarie-vann der individuelle dyr hadde oppholdt seg i ca. 15 minutter. Resultatene viste at de beste artsspesifikke DNAprøvene ble samlet inn fra svømmehud mellom tær og munnhulesvabring. Ved innsamling av DNA-prøver er det en fordel å kunne bruke de samme prøvene til flere tester. Siden det også er påvist ulike hudsykdommer på norske amfibier som også må påvises genetisk, slik som f.eks. den parasittiske soppen Batrachochytrium dendrobatidis (bd), vil synergieffekter av prøveinnsamling både vil redusere håndtering av dyrene, gi økonomiske fordeler, samt kreve mindre lagringsplass etter analyse. Ved analyse av funn for sykdom på de samme prøvene som ble testet for DNA-kvalitet (minus munnhulesvabring), viste resultatene at filtrerte vannprøver var den mest egnede metoden for Bd-påvisning, men prøvene samlet inn fra svømmehud hadde også høye konsentrasjoner av Bd. Innsamling med hudsvaber var desidert dårligst, da hele 64% av prøvene gav falske negative prøveresultater. Fremtidig prøveinnsamling på frosk og padde bør teste for Bd-påvisning på svømmehud, da denne prøvetypen tilsynelatende vil gi god deteksjon av Bd og samtidig gi gode DNA-resultater. En lignende samkjøring av analyser fra én DNA-prøve er trolig mindre sannsynlig for salamander, da storsalamander ikke har svømmehud, eller har svømmehud i mye mindre omfang fordi de er vesentlig mindre enn en frosk/ padde. Denne rapporten omfatter ikke uttesting av DNA-kvalitet for prøver samlet inn på salamander.